对这种情况，海商们也只能提防三分。这时候的海商们表面有钱，但力量分散，外加缺少政府支持，确实很难和这些西洋虎狼对抗。但海商们也不甘心坐以待毙，一个办法就是联合，在日本、菲律宾等地设立商会，大家抱团维护利益。
这时期的海商们，虽然帮派林立，但要论籍贯，主要来源却大都是福建人，因为“隆庆开关”后，福建月港称为重要贸易口岸，海澄成为对外贸易的重要港口。相比之下，临近的广东、浙江各省，对外贸易政策却是时松时紧。所以福建人也就成为中国海商团伙的主流。
当时海商们的主要合作伙伴，就是新兴的海洋帝国荷兰。毕竟荷兰海上力量强大。早期荷兰人和明朝政府的谈判，基本都是海商牵线。荷兰人和明王朝作战时，许多海商还充当帮凶，一同对付明王朝。比如在澎湖水战的时候，李旦的部下们就曾协同荷兰人作战，在台湾海峡拦截过往船只，甚至为荷兰人输送给养。
此外荷兰人所需要的丝绸、茶叶、瓷器等紧俏商品，明王朝政府往往限制的非常厉害，无论从供货量还是价格上都极其苛刻，所以也需要中国海商们利用手中的网络，从中国内陆购得。
从万历晚期开始，一直到明朝天启年间，中国东南沿海的海商们，可以说“群盗林立”，而且他们的主要活动据点，大多是在今天日本南部地带。此时的日本，因其丰厚的白银储量，已成欧洲远洋贸易热点，中国——日本——东南亚这条三位一体的黄金航线已然正式形成。
在这条航线下发家的中国海商们，此时也出现了多个团伙，但比起坚船利炮的荷兰人来，却还是差得远。帮派虽然多，但也大都是些西方殖民者的胁从帮凶。很难独自成气候。直到一个人的出现——颜思齐。
在今天的海峡两岸，颜思齐以海盗身份，被称为“开台圣王”。这个称号可不一般，中国古人皇权思想极重，尤其是对海盗，“王”这个称号是不能随便用的，能用这个称号的，一要有实力，二要有大功业。历史证明，颜思齐是一位对台湾命运有重大影响的人。
颜思齐曾是一个未成年的杀人在逃犯、流落日本的小裁缝。颜思齐，明朝万历十七年，公元1589年出生，福建海澄人。明朝时期的福建海澄，有海商传统。当地的月港，是明朝对外贸易的核心港口，也是唯一一个允许中国商人合法出海贸易的地方。整个东亚海域的海商势力，也多以海澄人为领袖。“隆庆开关”之后中国的对外贸易路线，早年几乎全由海澄人最早开辟。
按照连横的《台湾通史》里的记录，少年时代的颜思齐即体魄雄壮、精通武艺，且整日里好打不平，是当地青年中的领袖人物，在当地也是一个极不安分的人。颜思齐因为和当地某官宦家发生冲突，一怒之下打死了官宦家的仆人。为了避祸，他只得躲进一艘货轮的船舱里，偷渡出海远逃日本。颜思齐一路逃到了日本平户，这是万历四十年，公元1612年的事。颜思齐身上只有一把剪刀，这以后的颜思齐，就扎根日本，当了一名小裁缝。
这时候的日本，正是德川家康幕府初执政的时候，平户被开辟为通商口岸。商旅往来繁荣，尤其是福建老乡随处可见。这时候的日本平户，可以说是晚明中国海商的一个“大贼窝”，那些纵横海洋的中国走私团伙们，几乎全选在此处落脚。
颜思齐很快就在日本站住了脚，为人豪爽仗义，肯为朋友出头。一来二去，三教九流都有了他的朋友。除了裁缝外，也很快有了“第二职业”：加入海商团伙，做海盗。
颜思齐这期间他结识了一个重要朋友：晋江船主杨天生。比起颜思齐来，这时候的杨天生可谓成功人士，他本身就有一支自己的武装，还认识一大批专事冒险事业的青年死士，可这帮人只要跟颜思齐一接触，立刻清一色的认他做了大哥。日久天长，颜思齐的名声也传到日本政府耳朵里。日本当地政府主动邀请他担任专门负责中日贸易的商业官员“甲螺”。
颜思齐这时候依然不过是个小人物。到了明朝天启四年，公元1624年，一件事情的发生，让颜思齐从小人物开始变成大人物。这一年大事发生了不少，比如明朝和荷兰为了争夺澎湖，打得天昏地暗。小事也发生了不少，比如颜思齐的哥们郑芝龙喜得贵子，取名叫郑福松，也就是后来的郑成功。当然也有一件不大不小的事：颜思齐有一群信天主教的日本哥们，偏偏这时候日本幕府打击天主教，这几个哥们忍无可忍，就想着要推翻幕府。
几个日本哥们还是找到了颜思齐。颜思齐把杨永生等死党全叫了来，一共二十八人歃血为盟，结成兄弟，颜思齐本人被推举成老大。这二十八个人在当时并不算出名，但以后却有许多震惊海峡两岸的大人物，比如后来东南海商的头面人物郑芝龙。颜思齐随即做了周详的准备，动用了可以调动的一切兵力，计划八月十五日起义，一举推翻德川幕府，建立日本历史上第一个华人政权。
