《水怪：黑木林》到底讲述了一个怎样的故事呢？一句话总结就是：以姐姐找弟弟这条主线牵扯出了村长暗地里加工并走私福寿膏这条副线。没错，一开始，韩栋就是女主的弟弟，不过这个弟弟是女主养父母家的儿子，因为她是被收养的女儿，姐弟俩从小感情就特别亲密。后来，女主总是收到来自一个小山村的神秘信件，信封里除了一块小石头挂件，便再无只字片言，于是，当记者的弟弟决定先去那个叫“上水村”的地方替姐姐打探虚实，但是从此一去不复返，身为法医的姐姐只好亲自前往那个龙潭虎穴寻找真相……
原以为韩栋会是片中的打怪男主，万万没想到只在电影开头的时候露了一个脸，然后就被水怪强行拉下线了。但是，韩栋的功劳就是，在电影的开始部分成功营造了一种步步紧逼的惊惧氛围，以及人们对来自暗处未知危险的屏息凝神的惶恐心理，这无疑是抓住了广大惊悚、悬疑片爱好者们的猎奇眼球，大家都迫切的想知道，那个致命的水怪到底是什么来头？它到底是一个什么物种？答案就是：人，一个身患某种罕见基因变异病的人，而且这个人正是女主失散多年的亲弟弟，他叫清河，姐姐原名叫清伶，他们出生在上水村。
当清伶来到上水村这个充满水墨画风情的小镇时，村长热情地接待了她，并把她带去了当初弟弟所住的那个屋子，当清伶一踏进门口的那一刻，眼前立刻闪现出了一家四口的温馨画面，她由于失忆，脑海里时常浮现出一些莫名的画面，如幻觉一般。她并不知道，这所房子曾经正是住着他们一家四口。
安定下来后，她开始着手寻找弟弟的下落，他已经失踪一个多月了，即便是明知凶多吉少，她还是要找到他。于是，他走进村里，向村民们打听关于弟弟的蛛丝马迹，可大家却像躲瘟疫一样地避开她，纷纷表示她弟弟是得罪了“水猴子——水神”，才会被惩罚丧命，更有一个叫九叔公的老者说她是不祥之人，让她赶快离开，不然会连累全村的人。就在清伶一筹莫展的时候，村上卖鱼头汤的胡老板，在一个黑夜敲响了她的大门。
他为清伶送来了弟弟随身携带的相机，是他兄弟冒着生命危险去弟弟遇害的水域找到的，清伶在昏暗的房间里洗出了弟弟生前的最后一张照片，也就是他拍下的水怪样子，画面虽然有些仓促模糊，但它粗略的轮廓也足以让人触目惊心。而那个给她送线索的胡老板，在往回走的那片黑树林里遭遇了水怪的袭击，第二天被泡在了他装鱼头的大水缸里。
第二个出场的是村里的那个哑巴女人，因为她知道得太多了，所以再也不能说话。也是在那片黑树林里，她趁着夜色掩盖，慌乱地告知了清伶弟弟的下落，清伶才明白，原来一直都是这个哑巴在给自己寄信，指引着她回到这里来。
接着，清伶在一口枯井中找到了弟弟，他被一堆干草覆盖着，身体早已发黑，清伶沉默地流着泪，蜷缩着身子躺在弟弟旁边，这是他们姐弟俩此生最后的依偎。敛起伤痛的清伶，开始筹划着找水怪替弟弟报仇。她怎么也想不到这只号称“水猴子”的水怪，竟是自己失散多年的亲弟弟，弟弟从小就得了一种罕见的遗传病，长相怪异，不能以真面目示人。
最终，清伶和村里一群志同道合的村民合力擒获了水怪，此处也算是皆大欢喜的结局了，但同时也是故事反转的开端。
清伶利用职务之便，让警署查清了村长和九叔公的底细，顿时才明白事情没有这么简单，幕后真凶另有其人。
村长偷偷放走了水怪，还杀害了抓水怪的所有村民，以此诬陷清伶得罪了“水神”，它才降罪报复大家的，清伶被关进了铁笼子里，那一刻，她忽然就想起了小时候的一切事情。原来她的家破人亡，都是拜村长所赐！黑木林里藏着村长不可告人的秘密。当年，他抓走了弟弟清河，把他囚禁起来当作野兽一般驯养，但凡有人走近那片黑木林禁地，结局都是有去无回，清河就这样在吃人水怪的路上越走越远，让所有人闻风丧胆。
故事的结尾，清伶和清河姐弟抱头痛哭相认，清河咬死了大恶人村长，而且拯救了所有被村长虏来加工福寿膏的孩子们，最后，清河死在了机关的石门之下……
那么问题的关键来了，村长当年为何要残害清伶一家呢？据村民们说，清伶的父亲叫水生，二十年前亲手打死过“水怪”，并且有对付“水怪”的机关图纸为证，因为挡了村长的财路，然后被村长以“触怒水神”为由被灭口。那说明村长二十年前已经在非法加工福寿膏了，但那个时候已经有“水怪”作祟了吗？那个“水怪”又是什么来历？影片中并未提及。还有清河，在被村长控制之前，虽然面貌丑陋，但起码还是一个拥有正常人型的孩子，可后来居然进化成了一个外星物种，说是特效设计也不为过，它既然已经那么厉害了，为何还要乖乖的受制于仇人村长？村长也并没有什么控制它的药物或者杀手锏啊！难道是用他的福寿膏？我是不是想多了呢？
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