然而，正当何如芸在事业巅峰时，却选择了隐退，与花莲美仑大饭店董事长王敏锜结婚，婚后二人想要孩子，却一直都没有成功。除了四处求子，也求助医学尝试试管婴儿，失败了就重来，还曾因子宫外孕而将右侧输卵管切除，锲而不舍地反复尝试20次人工受孕后，终于在2006年与2010年各生下一个儿子。不过她并不因此满足，继续做了5次只因想要一个女儿，就连医生都劝她“别再做”，她才终于停下。
何如芸的付出换来的却是老公的出轨，风流的王敏琦曾被媒体拍到在32小时先后约会两名女子到旅馆。2019年二人被爆出婚变，最后还因此对簿公堂，官司缠讼两年多仍未有结果。何如芸曾自爆相当羡慕同样嫁入豪门的好姊妹郁方，因郁方不仅和老公陈昱羲感情甜蜜，和夫家相处更是融洽，婆婆除了关心郁方外，就连一众好友到家中作客时，总是携家带眷、或坐或躺、乱吃乱喝，公婆见到也仍是笑嘻嘻，对待她们这群姊妹也像自己的朋友一般“玩笑也能开，整个家庭和乐融融！”让她相当羡慕。这也让何如芸想到自己的处境，感慨地说道：“我们这一代的女子，从小常常被母亲教导，嫁去夫家该如何，对女婿更是百般讨好，深怕他亏待自己的女儿！”同时她感叹：“任何成功事情一定有技巧，但婚姻一定是最难经营的，不一定努力就会有善果。”
