《巨齿鲨2：深渊》故事发生在原版《巨齿鲨》结局几年之后，乔纳斯和他的玛纳一号队伍再次踏上了对马里亚纳海沟的探险之旅，然而却陷入了三只巨齿鲨的困境，并意外发现了海底的非法采矿基地。在被困后，他们利用基地的潜水艇设法逃脱，但却发现爆炸在海沟的热层中撕开了一个洞口，使巨齿鲨以及其他生物得以逃脱。
《巨齿鲨2：深渊》的结局可以看到，乔纳斯及其团队与时间赛跑，不但要保护附近欢乐岛上的游客，同时还要消灭逃脱的深渊怪兽。此外，他们还要躲避反派德里斯科利（西耶娜·吉伦利），她的基地暴露后，企图灭口。怪兽吞噬了大部分的反派，而斯坦森及其团队则处理其中两只怪兽。
【资料图】为什么第三只巨齿鲨幸存下来？
当《巨齿鲨2：深渊》开场时，揭示了几年前，玛纳一号团队发现了一只名为海奇的幼年巨齿鲨，并将她圈养起来。事实上，正是海奇的逃脱，迫使乔纳斯深入海沟，推动了整个故事的发展。
在海沟底下，他们发现了另外两只巨大的鲨鱼，其中一只被乔纳斯称为“有史以来最大”的巨齿鲨。这三只巨齿鲨给人们带来了巨大的伤害，它们在欢乐岛上吃掉了大量游客，直到乔纳斯出面制止。
为了转移巨齿鲨的注意力，乔纳斯跳上了水上摩托艇，将它们引离了岛屿。他用爆炸装置到鱼叉上，刺入其中一只巨齿鲨的头部，从而杀死了它。最大的鲨鱼对乔纳斯来说麻烦更大，在结尾中，他使用直升机叶片在水中制造声响，吸引了这只怪兽注意，然后用叶片刺中冲来怪兽的大脑。
《巨齿鲨2：深渊》的演员阵容中引入了新成员吴京饰演的九明，是張梅盈的叔叔，他一直在使用特殊的点击器训练海奇，使其不再攻击人类。在乔纳斯杀死其他两只巨齿鲨之后，海奇回来发动袭击。它径直冲向九明，虽然点击器似乎没有起作用，但信号最终传达给了它，最后一刻它转身离开，游向了未知的海域。
反派情节和内应计划是怎样的？
《巨齿鲨2：深渊》为了增加趣味性，增加了一个反派情节以，玛纳一号的投资者德里斯科利利用团队的研究，作为掩盖她真实目标的幌子。她在海沟底部建立了一个基地，在那里可以开采一种价值数十亿的稀有矿石。这个行动由蒙特斯负责监督，他是一名对乔纳斯怀恨在心的雇佣兵，因为在之前的一次行动中他被投入监狱。在玛纳一号团队得知这个秘密后，德里斯科利命令蒙特斯和内部线人立即对他们进行灭口。
《巨齿鲨2：深渊》中的内应原来是杰西（斯凯勒·塞缪尔斯饰），她破坏了救援潜水艇，而她唯一的动机就是为了金钱。但她最终得到了报应，当巨齿鲨逃脱时，一只巨齿鲨破窗而入并吃掉了她。这个场景在预告片中就已经有所透露。
还有其他生物从海沟逃脱了吗？
除了跟随乔纳斯穿过破损热层的三只巨齿鲨之外，还有一些其他的野兽也从海底逃脱了。首先是一只巨大的乌贼，它也来到了欢乐岛并开始吞噬游客。当乔纳斯忙于对付巨齿鲨时，九明正在对付乌贼。
一些食人的两栖蜥蜴也来到了欢乐岛的海岸，他们在袭击追捕乔纳斯的雇佣兵方面发挥了意想不到的作用。它们还抓住了试图乘直升机逃走德里斯科利，这些讨厌的蜥蜴最终被炸药解决了。
为《巨齿鲨3》的故事做铺垫？
九明推测，海奇之所以逃离返回海沟，是因为这是交配季节，而他们随后近距离目睹了海奇与其他巨齿鲨亲昵的一幕。在最后一幕中，乔纳斯和九明讨论了海奇可能怀孕的可能性，他们可能很快就不得不应对更多的巨齿鲨，但他们决定将这个问题留到以后解决。
虽然《巨齿鲨2：深渊》没有明确确认这一事实，但海奇很可能确实怀孕了，世界很快将不得不应对更多的巨齿鲨威胁。不仅如此，还有其他生物可能也已经从海沟逃脱，而作者史蒂夫·奥尔顿后续的《巨齿鲨》系列书籍还会出现类似矛齿龙或克罗龙等水生生物。随着分隔海沟的屏障现在被撕裂开来，《巨齿鲨3》将会有更多其他威胁出现。
结局与小说不同的地方在哪？
尽管奥尔顿的小说《深渊》与《巨齿鲨2：深渊》电影之间存在表面上的相似之处，但它们的故事情节却有很大的不同。他们共享的最明显的故事要点就是巨齿鲨为了交配逃离囚禁，但除了斯坦森的乔纳斯或克里夫·柯蒂斯的麦克之外，书中其他重要的角色，如乔纳斯的妻子特里或能源大亨本尼迪克特·辛格都不见了。电影还缺少了书中一个关键的子情节，涉及克罗龙袭击潜艇的情节。
小说《深渊》的结局发生在海沟本身，乔纳斯从水下实验室中解救出他的妻子。他们在实验室被毁之前成功逃脱，但乔纳斯在海沟中死亡的梦境差点成为现实，一只克罗龙几乎摧毁了他们的逃生舱。出乎意料的是，“天使巨齿鲨”海奇攻击并杀死了这只怪兽，这对夫妇这才得以逃脱。书中以天使巨齿鲨生下两个雄性幼仔作为结尾，为第三本小说《原始水域》做了铺垫。而《巨齿鲨2：深渊》的结局完全发生在欢乐岛上，并且没有出现克罗龙。
