抗原检测比核酸检测的特异度、灵敏性低，可能出现假阳性或假阴性的结果。如果出现抗原检测操作不当的情况，比如检测量过大、试剂盒打开后未及时使用等，可能会导致检测结果呈假阳性。同时，由于抗原检测没有扩增环节，病毒量较少时不易被检出，因此在感染者感染病毒初期病毒载量较少时，就很有可能发生误判，就检测不出阳性。
抗原检测可以作为核酸检测的一个补充手段，有助于早发现，但不能作为判断检测对象是否感染病毒的“金标准”。所以，国务院联防联控机制2022年3月印发的《新冠病毒抗原检测应用方案(试行)》明确规定：核酸检测是新冠病毒感染的确诊依据。在进行核酸检测确认的过程中，如核酸检测阳性，不论抗原检测结果是阴性还是阳性，均按照新冠病毒感染者或新冠肺炎确诊患者采取相应措施;如果核酸检测阴性但抗原检测阳性，则视同新冠病毒感染者采取集中隔离等措施，密切观察，连续进行后续的核酸检测。
简而言之就是，是否感染新冠病毒的判断，要以核酸检测为准，而不是以抗原检测为准。
