我们突变的丰度/频率这么低，是不是药效不好？
我们突变的丰度/频率这么高，药效为什么不理想呢？
关于基因突变的丰富性，很多朋友都很熟悉，也经常遇到，但没有道理。 今天和大家分享关于基因突变丰度的常见问题。
1、什么是基因突变丰度？
基因丰度是指在我们进行基因检测时，对于相应的某个基因，如EGFR基因，我们检测到的突变EGFR基因数占所有EGFR基因(包括突变的和正常的)的比例。 例如，如果测定100个EGFR基因，其中30个EGFR号外显子发生缺失变异，剩下的70个正常，那么EGFR缺失的变异丰度，有些朋友还错误地认为所有基因突变丰度加起来是100%
2、突变丰度为什么有高有低呢？
基因突变丰度的高低与样本类型、取材情况、治疗方案对肿瘤的压迫情况、实体肿瘤大小和转移分布情况等相关。
a.样本类型不同，丰度会有所差异（组织、血液、胸水、腹水、脑脊液等）：
一般组织样品突变丰度高于血液，胸水、腹水、脑脊液等渗出液为亚组织样品，一般丰度高于血液。 当然，也有血液丰度高于组织或渗出液的特殊情况。 例如，全身爆发性进展时，肿瘤释放到血液中的游离DNA量比较大。
b.取材情况不同导致丰度差异：
例如，都是组织样本，如果采集的样本中肿瘤细胞所占比例不同，自然丰度也不同。 例如，同一人在同一时间采集肿瘤细胞比例为90%的组织样本和肿瘤细胞比例为10%的组织样本，当然肿瘤细胞比例为90%的组织样本中的突变丰度更高。
c.治疗方案对肿瘤的压制情况
血液、胸水、脑脊液、心包积液等标本均为液体游离DNA，即ctDNA，是肿瘤细胞新陈代谢过程中释放到血液、胸水、脑脊液、心包积液等溶液中的物质。 在整个肿瘤得到控制的情况下，控制得越好，肿瘤释放的游离DNA当然越少，丰度自然越低。
d.实体肿瘤的大小及转移分布情况
这主要对血液检测有很大影响，血液主要代表大脑以外实体肿瘤释放的游离DNA的情况。 实体瘤大小越大，转移分布越复杂。 在这种情况下，血液中的游离DNA量相对越多，检测到的血液突变丰度也相对越高。 当然其他样本在治疗方案有效的情况下，丰度也会受到不同程度的影响。
3、突变丰度高低和药物效果有必然联系么？
通常，我们在问这个问题时，没有限定条件。 突变丰度的高低与药物效果没有必然联系。 正如我刚才所说，突变丰度本身受到影响的因素太多了。 同一个人，即使是同一时间，由于采访不同，或者样品种类不同，突变的丰度也不同。 在这种情况下，测定不同丰度的同一个人的两个样本，是说药物效果好还是不好？ 当然一样！
那么，为什么有些人说突变丰度高、药物效率高，或者用药时间长呢？ 这些内容实际上有一定的零碎含义。 相关研究在得出上述结论时有很多限定条件，因为很多朋友在发言时忽略了这些细节。 这些限定条件包括：用同一样品进行比较； 一般使用组织样品研究的肿瘤细胞占有率高，使用占有率大致相同的同一种药物进行研究等。 限定这些条件后，才发现同一基因突变丰度越高效果越好。 但是，在现实生活中，这些条件是不能限定的。 首先，组织样本中肿瘤细胞的比例不等于每人采集的组织样本中肿瘤细胞的比例。 现在，药物的种类不能说变多了。 之后的药物选择也不同。 因此，平时我们回答这个问题突变丰度的高低和药物效应没有必然联系。
关于药物的疗效，影响因素太多，靶点相关基因突变本身、合并其他相关基因突变、病理性质、个人体质等都会影响最终疗效。
4、拷贝数变异为什么不是以百分数表示？
首先，我们来看看什么是拷贝数(Copy number，CN )和拷贝数变异。 人体通常有23对46条染色体，人体所有的基因分布在这些对染色体上，一个来自父亲，一个来自母亲，所以每个基因有两个备份，即两个拷贝。 拷贝数发生变异时，染色体上的某个基因或某个基因的数量会发生变化。 例如，MET基因正常为2个，现在为5个。 被称为MET基因的拷贝数为5，引起了MET基因的扩增。 因为结果是倍数，所以拷贝数的变异结果不能用百分率来表示。
当然一些朋友会问，为什么他们的拷贝数变异不是整数而是带小数点的，比如5.5。 因为一个样品里既有肿瘤细胞的DNA，也有正常细胞的DNA。 基因报告中拷贝数变异的结果是所有肿瘤细胞对应DNA，所有正常细胞对应DNA的拷贝数的平均值。
当然，在这里，一些朋友也不可避免地会问，基因拷贝数的变异数值越高，效果不是越好吗？ 同样，也需要限定条件。 同一份样品，如组织样品中肿瘤细胞所占比例较少时，拷贝数变异越高一般可能越好。
5、为什么有时候基因检测什么都没有测到？难道是没有突变？
没有测量到任何突变。 在这种情况下，可能是基因检查机构的水平问题。 另外，大部分是血液样本的结果，其次是胸水、脑脊液、腹水等样本。 组织一般遇到极少检测到基因变异的情况。 肿瘤也称为基因疾病，是由基因变异引起的，只要变异的基因不在检测列表中。 血液、胸腔积液、脑脊液、腹水这些标本为什么会呈阴性，什么都不测呢？ 血液、胸腔积液、脑脊液、腹水等标本的检测，是对中肿瘤释放的游离DNA(ctDNA )的测量。 在肿瘤游离DNA丰度较低的情况下，这些标本可能无法测定突变。 例如，用尺子测量物体的长度，尺子的最小刻度是1mm。 被测量物的长度只有0.1mm到0.01mm时，该长度无法读取。 血液CTDNA
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