端午节的加班工资应当根据以下方法进行计算：
1、在端午节当天加班的，加班工资应当按照3倍计算，用人单位应当向劳动者支付不低于工资的百分之三百的工资报酬;
2、在调休时间加班的，加班工资应当按照2倍计算，用人单位应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬，用人单位能够安排补休的，无需支付加班工资，可以让职工在后续的时间内进行补休。
用人单位拒绝支付加班工资的，劳动者可以向当地的劳动行政部门进行投诉，查证属实的，劳动行政部门会责令用人单位予以改正，逾期未改正的，会让用人单位按照加班工资的百分之五十以上百分之一百以下的标准加付赔偿金;也可以去当地的劳动仲裁委员会申请仲裁，由仲裁庭依法作出裁决，对裁决不服的，可以提起民事诉讼，由人民法院判决。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十四条
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
